Он обвиняется в совершении преступлений, предусмотренных п.п «в, г» ч.4 ст. 290 УК РФ (получение взяток путем вымогательства в крупном размере).
По версии следствия, в течение 10 лет имели место 197 фактов получения Сидоровым взяток в виде денежных средств от 8 лиц на общую сумму более 6 миллионов рублей. По данным следствия, Сидоров давал понять предпринимателям, что решения по ряду договоров аренды, проведению конкурсов принимает он лично, и для положительного решения вопроса, помимо официальной суммы, необходимо заплатить лично ректору учебного заведения. Многие предприниматели были в этом заинтересованы и готовы платить. В апреле 2009 года при получении очередной взятки Сидоров был задержан с поличным.
16 мая 2011 года суд удовлетворил ходатайство следователя отдела по расследованию особо важных дел и временно отстранил Павла Сидорова от занимаемой должности ректора Северного государственного медицинского университета.
От обвиняемого поступило ходатайство о рассмотрении дела судом с участием присяжных заседателей. Вину в инкриминируемых ему деяниях он не признал.
Уголовное дело насчитывает 20 томов.
Следствием собрана достаточная доказательственная база, в связи с чем уголовное дело с утвержденным обвинительным заключением направлено в суд для рассмотрения по существу.
Уголовное дело в отношении ректора «СГМУ» возвращено на дополнительное расследование 
Ректору СГМУ оглашен вердикт присяжных 
Бывший милиционер из Архангельска попался на взятке 
Врач-депутат обвиняется в получении взяток