Школа располагается в старинном здании 1784 года. С 1860-х годов здесь находилось епархиальное духовное училище с храмом Иоанна Богослова. Затем, уже в ХХ веке, Школа рабочей молодёжи №18, Спортивная школа гимнастов, курсы по самообразованию. Здание признано объектом культурного наследия регионального значения.
Школьники останутся
«История началась в 1992 году, когда был составлен перечень зданий, которые имеют какое-то отношение к церкви, - наше здание тоже было в нём, - рассказывает Альберт МАСЛОВ, учредитель школы «Ксения». - Когда я сюда пришёл, оно было без окон, без дверей. И вот здесь создано негосударственное образовательное учреждение, которое работает уже 23 года. В 2011 году мы встречались с Пантелеймоном, тогдашним владыкой нашей церкви, и он согласился, что отбирать здание у детей - неправильно с точки зрения церкви, поэтому сказал - работайте. И у нас эти 20 лет проблем с церковью не возникало».
Но в 2010 году был принят новый закон «О передаче религиозным организациям имущества религиозного назначения, находящегося в государственной или муниципальной собственности». И епархия снова заявила права на здание.
«Чтобы избежать распродажи зданий, являющихся религиозными памятниками, и восстановить уничтоженный после революции храм, Архангельская епархия обратилась в городскую администрацию с просьбой передать архиерейский дом в церковную собственность в соответствии с федеральным законом, - рассказывает Михаил НАСОНОВ, руководитель информационного отдела Архангельской и Холмогорской епархии. - Весной 2015 года митрополит Даниил обсуждал с представителями школы перспективы сотрудничества с Архангельской епархией. На встрече было сказано, что слухи о возможном выселении школы не имеют под собой никакого основания, кроме того, после передачи здания в церковную собственность договор аренды сохраняет свою силу. Поэтому принятие мэрией решения о смене собственника здания не отразится на учебном процессе».
Альберт Юрьевич не согласен с таким утверждением. «Митрополит говорит, что сейчас мы себе возьмём здание, потом его вам отдадим, и вы там будете жить. Но если это даже и произойдёт, хочется отметить, что сейчас мы живём по договору с мэрией и арендная плата довольно низкая. С церковью эта ситуация изменится».
Как мы не чтим память жертвам интервенции 
Может ли школа требовать деньги на ремонт? 
В Архангельских храмах откажутся от ценников и «тарифов» 
В Архангельской митрополии отпраздновали Крещение Господне