В 2011 году учреждение получило денежные средства из федерального бюджета по целевым статьям «Высокотехнологические виды медицинской помощи» и «Проведение дополнительной диспансеризации работающих граждан» на сумму более 80 млн. рублей, которые расходовались с нарушением закона.
По ряду государственных контрактов поставщиками была допущена просрочка исполнения обязательств. Меры по обязанию поставки высотехнологических препаратов и оборудования в медицинское учреждение не предпринимались или предпринимались несвоевременно. Уплату неустойки в виде пеней ФГУЗ не требовало.
Кроме того, выявлены многочисленные нарушения законодательства в сфере размещения заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд.
Сведения, которые должны содержаться в реестре государственных и муниципальных контрактов, учреждением размещаются на сайте со значительным превышением установленного срока, а в некоторых случаях отсутствуют в полном объеме.
Допущенные нарушения законодательства, как сообщает пресс-служба прокуратуры, приводят к снижению качества и доступности медицинской помощи, невозможности обеспечения населения высокотехнологичной медицинской помощью, ухудшению здоровья граждан, а также нарушению бюджетного законодательства.
По итогам проверки начальнику ФГУЗ «Центральная медико-санитарная часть № 58 ФМБА России» внесено представление об устранении нарушений законодательства, а также о привлечении к дисциплинарной ответственности виновных должностных лиц.
Медико-санитарную часть в Коряжме планируют сдать в сентябре 2011 года 
В центральной кофейне установлены нарушения санитарного законодательства 
В Архангельской психиатрической больнице нарушают закон 
Прокуратурой Архангельской области проведена проверка исполнения законодательства